Raphael powstał w grudniu 1996, a jego założycielem był basista Yukito, początkowo pełniący także funkcję wokalisty. Niedługo później dołączył do niego gitarzysta Kazuki, który został liderem zespołu (od początku zajmował się także projektowaniem okładek i wizerunkiem zespołu; założył nawet własne biuro, Hime Design Office). Ostateczny skład Raphaela, uzupełniony przez wokalistę Yukiego oraz perkusistę Hiro, ukształtował się w marcu 1997 roku, przy czym wszyscy muzycy mieli zaledwie około 15 lat.

Pierwszy koncert jako Raphael zagrali 24 grudnia 1997; w tym samym roku wydali też swoją pierwszą i jedyną taśmę demo (aby mieć pretekst do organizowania koncertów). W siedemnaste urodziny Kazukiego, 7 kwietnia 1998 roku, ukazała się pierwsza edycja minialbumu Lilac - jego druga edycja, wzbogacona o jedną piosenkę, trafiła do sklepów 27 maja. Około pół roku później, 1 listopada, zespół wydał swój pierwszy singiel, White Love Story (co ciekawe, wszystkie ubrania do sesji zdjęciowej promującej singiel uszył Kazuki w noc poprzedzającą sesję, z materiałów, które kupił poprzedniego dnia - wynikało to z problemów finansowych muzyków). Również pierwszego listopada grupa zagrała solowy koncert w ON AIR WEST, na który bilety sprzedały się w ciągu jednego dnia.

Kolejny rok był dla Raphaela bardzo dobry. 20 lutego 1999 ukazał się maksisingiel Sick xxx Kanjya no karte, a dwa miesiące później dwa kolejne, Yume Yori Sutekina i Sweet Romance, które znalazły się w pierwszej czterdziestce listy Oriconu. 28 maja 1999 zagrali w Shibuya Koukaido ostatni koncert jako zespół indies, który został zarejestrowany i wydany później jako Last. Druga, nieoficjalna część występu, była przeznaczona tylko dla fanklubu.

Zespół podpisał kontrakt z wytwórnią For Life Music Entertainment i zadebiutował jako zespół major 23 lipca singlem Hana Saku Inochi Aru Kagiri. Trzy dni później zagrał pierwszy koncert major, który również został zarejestrowany i wydany jako First. Wraz ze zmianą statusu na major, muzycy zmienili też swój wizerunek. Porzucili specjalne kostiumy i nadmierne makijaże, skłaniając się ku bardziej naturalnemu wyglądowi.

Po wydaniu dwóch kolejnych singli (w tym Eternal Wish, na którym znalazła się napisana przez Yukiego i na nowo nagrana piosenka, zarejestrowana pierwotnie na taśmie demo), do sklepów trafił pierwszy album, zatytułowany Mind Soap, na okładce którego znalazło się zdjęcie Kazukiego leżącego w wannie pełnej piany. Następnego dnia po wydaniu płyty muzycy rozpoczęli pierwszą ogólnokrajową trasę koncertową.

Rok 2000 był dla nich bardzo pracowity, jako że w tym czasie ukazały się dwa wideo, dwa single i dwa minialbumy. Jeden singiel, Lost Graduation, minialbum Sotsugyou i koncert Raphael Special LIVE "graduation" -2000.3.4 Nippon Budokan-, dotyczyły faktu, że gdyby członkowie Raphaela pozostali w szkole, zamiast rzucać ją i przenosić się do Tokio, w tym dniu zakończyliby naukę, stając się absolwentami (jap. sotsugyousei).

Mniej więcej w tym czasie, po czterech latach sukcesów, zespół podjął decyzję o zawieszeniu działalności po zakończeniu planowanej trasy koncertowej. Jako że ich gusta się zmieniły, każdy z muzyków chciał się realizować muzycznie we własnym projekcie. Niestety, 31 października 2000 roku, w przeddzień ukazania się ostatniego singla Raphaela, Akikaze no Rhapsody, Kazuki popełnił samobójstwo w wieku 19 lat. Opisanie uczuć pozostałych członków i fanów w obliczu tak ogromnej straty było niemożliwością. Pogrzeb, z udziałem wyłącznie rodziny i przyjaciół, odbył się cztery dni później, a 19 listopada zorganizowano spotkanie z fanami. Wzięli w nim udział także zaprzyjaźnieni z Kazukim muzycy, m.in. HAKUEI (PENICILLIN), Ryutaro (Plastic Tree), Kamijo (Versailles), Kiyoharu i yasu (Janne Da Arc), którzy wygłosili przemówienia. Po śmierci gitarzysty ukazały się trzy pamiątkowe photobooki poświęcone jego osobie: Evergreen, Teenage i Daisuki Kajurin (została do niego dołączona m.in. płyta z 18-minutową wypowiedzią Kazukiego). Zespół dokończył planowaną trasę koncertową, grając w niepełnym składzie.

Pomimo takiej straty Raphael kontynuował wypuszczanie nowych wydawnictw: pomiędzy lutym i wrześniem 2001 ukazały się dwa DVD oraz album, zatytułowany Fumetsuka. 1 sierpnia do sklepów trafiła płyta Raphael Singles, stanowiąca zbiór wszystkich nagranych poprzednio singli. Potem muzycy na krótki czas przerwali działalność, zanim zdecydowali, że Raphael powinien rozpaść się na dobre.

Po rozpadzie Hiro i Yuki założyli zespół rice, ciągle działający. Yukito rozpoczął solowy projekt, Black Love, który obecnie nie jest już aktywny. .