Zespół powstał w 1999 roku, kiedy perkusista Brann Dailor i gitarzysta Bill Kelliher przeprowadzili się do miasta Atlanta ze swojego rodzinnego Rochester.
Trzy tygodnie po przybyciu poznali basistę Troy Sanders i gitarzystę Brent Hinds na koncercie High On Fire, zorganizowanym w piwnicy. Muzycy przypadli sobie do gustu i rozpoczęli pracę nad tworzeniem materiału. Kelliher i Dailor mieli już prawie dziesięcioletnie doświadczenie w graniu i koncertowaniu. Sanders i Hinds jedynie sześcioletnie.

Zespół nagrał pierwsze demo w lipcu 2000 roku i z tym materiałem wyruszył na trasę po wschodnim wybrzeżu USA. Grali m.in. z Queens of the Stone Age, Morbid Angel i Cannibal Corpse. Ich występy wzbudziły ogromne zainteresowanie, co doprowadziło wkrótce do podpisania kontraktu z wytwórnią Relapse.

Wiosną 2001 roku Mastodon wyruszył na kolejną trasę. We wrześniu 2001 premierę miało ich debiutanckie EP Lifesblood. Podobnie jak koncerty cieszył się ogromną, jak na debiutantów, popularnością. W październiku grupa weszła do studia by nagrać pierwszy pełny album Remission, który wydano w czerwcu następnego roku. Wkrótce po premierze, zespół spędzał czas na trasach koncertowych (USA i Japonia). W roku 2003 wyruszyli na swoje pierwsze koncerty po Europie oraz na pierwszą trasę po Stanach, jako główny zespół, a nie jako support, jak dotychczas.

Jesienią 2003 roku utwór March of the Fire Ants ukazał się na dwupłytowej kompilacji sygnowanej przez jeden z programów stacji MTV2, Headbangers Ball. Znaleźli się tam w towarzystwie: Slayer, Deftones, Hatebreed, Killswitch Engage i wielu innych. Płyta sprzedała się w ilości 150,000 egzemplarzy i dała zespołowi nowych fanów.

W listopadzie 2003 March of the Fire Ants doczekał się teledysku nagranego w Atlancie i reżyserowanego przez Chada Rullmana. Ten krok był kolejnym sukcesem. Krąg fanów poszerzał się i wkrótce o grupie pisało większość fachowej prasy określając ją jako jeden z najlepszych debiutów. Zespół dostał się do czołówki ciężkiej muzyki.

Początek roku 2004 Mastodon spędził na krótkich trasach koncertowych (m.in. z Clutch) i wkrótce wszedł do studia w Seattle by nagrać kolejny album, który ukazał się w sierpniu. Leviathan okazał się sukcesem (płyta roku w magazynach Revolver, Kerrang! and Terrorizer) i grupa wyruszyła na europejską trasę ze Slayerem i Slipknot.

W 2005 roku zespół odbył trasę po Wielkiej Brytanii i innych krajach Europy jako headliner. Podobna trasa odbyła się po powrocie do Stanów.

W połowie 2006 roku zespół wyruszył we wspólną trasę koncertową wraz z zespołami Slayer, Children of bodom, Lamb Of God oraz Thine Eyes Bleed. We wrześniu grupa wydała swój trzeci krążek zatytułowany Blood Mountain.

Ostatni dotychczas album grupy, Crack the Skye, ukazał się 24 marca 2009 r. i okazał się olbrzymim sukcesem (11-ste miejsce na Billboardzie). Tytuł płyty jest hołdem dla siostry perkusisty, Skye Dailor, która zmarła w wieku 14 lat, popełniając samobójstwo. Sam koncept płyty jest o carskiej Rosji, podróżach astralnych, "out of body experience" i teorii Hawkinga nt. tuneli czasoprzestrzennych.

Kolejny album zespołu, The Hunter ma premierę 26 września 2011 r., a udostępniony przez wydawcę online do przesłuchania zyskał ogromne zainteresowanie wszystkich fanów ciężkiej muzyki progresywnej.

Obecny skład:

Troy Sanders - bas i wokale
Brent Hinds - gitara i wokale
Bill Kelliher - gitara i wokale
Brann Dailor - perkusja i wokale
Rich Morris - klawisze (koncertowo)

Ważniejsza dyskografia (albumy studyjne są pogrubione):

Slick Leg (2001, EP)
Lifesblood (21.08.2001, EP)
Remission (3.06.2002)
Leviathan (31.08.2004)
Call of the Mastodon (7.02.2006, zbiór nagranych na nowo demówek)
The Workhorse Chronicles: The Early Years 2000-2005 (21.02.2006, DVD)
Blood Mountain (12.09.2006)
Crack the Skye (24.03.2009)
The Hunter (26.09.2011)

Oficjalna strona: http://www.mastodonrocks.com/